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As Ligas Pokémon são competições regionais que reúnem os treinadores que conseguem obter as oito insígnias ao derrotar os Líderes de Ginásio (com exceção da Liga Laranja, onde eram necessárias quatro insígnias). Atualmente são conhecidas as ligas de Kanto, Ilhas Laranja, Johto, Hoenn e Sinnoh, sendo a Liga Sinnoh ainda não mostrada no anime.
Como nos jogos a Liga Pokémon consiste apenas no desafio a Elite dos Quatro, essa seção irá focar as Ligas apresentadas no anime. Abaixo as Ligas de cada região:
Kanto
A Liga de Kanto conhecida como Liga Índigo é realizado no Planalto Índigo. Durante a competição os treinadores se hospedam na vila Pokémon onde podem descansar e comer de graça.A cerimônia de abertura da Liga é focada na chama de Moltres que acende a tocha central do estádio e queima durante toda a competição.
A competição é dividida em diversas etapas eliminatórias. A primeira são os rounds preliminares onde cada treinador deve vencer nos quatro diferentes campos de batalha (grama, pedra, água e gelo) para avançar. No anime Ash passou pelos quatro campos derrotando oponentes como o Estupendo Mandi em sua primeira batalha onde contou com a ajuda de Kingler recém evoluído e Jeanette Fisher que possuía um poderoso Bellsprout derrotado com a ajuda de Muk. A grande surpresa dos rounds preliminares é a derrota de Gary Carvalho, principal rival de Ash, que é eliminado muito cedo do torneio.
A etapa seguinte leva os competidores batalhar no Planalto Índigo em disputas 3x3 na primeira
batalha e 6x6 nas partidas seguintes. O primeiro confronto de Ash no Planalto Índigo é contra seu
mais recente amigo: Ritchie, onde acaba derrotado devido o seu Charizard se recusar a lutar contra o Pikachu “Sparky” de seu adversário.
Ritchie é derrotado na partida seguinte por uma treinadora chamada Assunta. Somente a sombra do campeão da Liga é mostrada, não sendo possível identificar o campeão. Ash termina entre os 16 melhores da competição.
Liga Laranja
A Liga Laranja é mais diferenciada entre as já apresentadas no anime, nela era necessário conseguir quatro insígnias de Líderes de Ginásio em desafios variados. O primeiro ginásio desafiado por Ash foi o da Ilha Mikan, onde enfrentou a Líder Cissy em desafios de tiro ao alvo utilizando Pokémon de água que terminou empatado entre Seadra e Squirtle levando então à um desempate na competição de surf vencida por Ash com a ajuda de Lapras.A Ilha Navel é o local do segundo ginásio onde os competidores devem conseguir escalar uma montanha sem a ajuda dos Pokémon para ter o direito de desafiar o Líder Danny. A competição é dividida em três partes: congelar um Geyser, esculpir uma espécie de trenó com o gelo e depois descer com o trenó até a base da montanha em uma corrida. Ash venceu os dois últimos desafios conquistando assim a sua segunda insígnia.
A terceira insígnia da Liga Laranja foi conquistada por Ash após derrotar o Líder Rudy na Ilha Trovita onde os desafiantes devem conseguir acertar alvos em movimento para poder ganhar o direito de uma batalha onde o Líder usa Pokémon de mesmo tipo do adversário.
A Ilha Kumquat é o local do último ginásio onde Ash batalhou contra Luana pela última insígnia. A regra especial desse ginásio é uma batalha em dupla (2x2), conceito que foi implantado mais tarde na geração advanced.O último passo da Liga Laranja é o desafio contra o campeão da Liga, chamado Drake, na Ilha Pummelo. Após uma batalha 6x6 Ash venceu Drake e conquistou a Liga Laranja tendo seu nome gravado no Palácio da Vitória.
Liga Johto
A Liga Johto, conhecida como Conferência de Prata é a liga regional de Johto, realizada próxima ao Monte Prata.Assim como a Liga Índigo, a competição de Johto também tem a cerimônia de abertura onde se usa a chama de Ho-Oh como símbolo.
A Conferência de Prata é dividida em três partes: a primeira são três combates de um contra um onde a perícia dos treinadores é julgada, sendo possível avançar mesmo se perder uma partida. Os melhores 48 colocados passam para a fase seguinte onde são divididos em 16 grupos de 3 participantes. Os melhores colocados de cada grupo passam para a fase final.
A última fase possui os 16 melhores que se enfrentam em batalhas 6x6 no Estádio de Prata em campos diversos. Ash chegou até as fases finais onde no primeiro combate enfrentou seu maior rival Gary vencendo com a ajuda de seu Charizard o poderoso Blastoise de seu rival. A partida seguinte de Ash foi contra Harrison onde enfrentou Pokémon que ainda não conhecia de uma região chamada Hoenn e acabou derrotado, terminando assim entre os oito melhores da competição que teve Jon Dickson com campeão.Liga Hoenn
A Liga Hoenn, chamada de conferência de Ever Grande, é realizada na cidade de mesmo nome, e assim como as outras também têm uma cerimônia de abertura que tem com símbolo da competição uma tocha.Também dividida em três etapas, Liga Hoenn tem o seguinte formato: o round preliminar onde é realizada uma batalha um contra um onde o vencedor passa para a fase seguinte.
Os competidores então vão para os rounds de qualificação onde enfrentam três batalhas em dupla para avançar até a fase final.A última fase da competição conta com os 32 melhores participantes em confrontos de 6x6. Ash mais uma vez alcançou a fase final onde venceu Katie e seu recente amigo Morrison, mas acabou derrotado por Tyson que se consagrou campeão da Liga Hoenn, deixando o treinador de Pallet mais uma vez entre os oito melhores.
Sinnoh
Também irá ser retransmitido no dia no sábado 7 de novembro. 
